في برنامج ماجستير الفكر الإسلامي، يدرس الطلاب مجموعة متنوعة من المساقات التي تغطي مجالات متعددة من الفكر الإسلامي ومقارنة الأديان. يتم توزيع هذه المساقات على مدار سنتين دراسيتين، حيث يجب على الطالب إكمال 36 ساعة معتمدة في كل سنة.

المساقات الأساسية تشمل:

• نظرية المعرفة في الفكر الإسلامي: دراسة المفاهيم الأساسية لنظرية المعرفة كما هي في الفكر الإسلامي.
• دراسات فكرية في موضوعات قرآنية: تحليل ودراسة موضوعات قرآنية محددة من منظور فكري.
• دراسات فكرية في النصوص الحديثية: دراسة النصوص الحديثية من زاوية فكرية.
• قضايا بحثية مقارنة بين الإسلام واليهودية والنصرانية: مقارنة وتحليل قضايا بحثية بين هذه الأديان.
• المرأة في الأديان: دراسة مكانة ودور المرأة في مختلف الأديان.
• دراسات في العقيدة الإسلامية: تعمق في مبادئ وأسس العقيدة الإسلامية.
• فرق ومذاهب فكرية معاصرة: دراسة وتحليل الفرق والمذاهب الفكرية الحديثة.

المساقات الاختيارية تشمل:

• التحديات المعاصرة للفكر الإسلامي: دراسة التحديات التي يواجهها الفكر الإسلامي في العصر الحالي.
• دراسات فكرية معاصرة: تحليل ودراسة القضايا الفكرية المعاصرة.
• التحديات المعاصرة للأديان: دراسة التحديات التي تواجه الأديان المختلفة في العصر الحديث.
• الإسلام والحريات وحوار الأديان: دراسة العلاقة بين الإسلام والحريات المختلفة وأهمية حوار الأديان.
• دراسات في الفكر الاقتصادي الإسلامي: تحليل ودراسة المبادئ الاقتصادية في الفكر الإسلامي.
• أثر الفلسفة في الفكر الإسلامي: دراسة تأثير الفلسفة على الفكر الإسلامي.
• قضايا بحثية مقارنة في الأديان الوضعية: مقارنة وتحليل القضايا البحثية في الأديان الوضعية.
• الأخلاق والتصوف: دراسة الجوانب الأخلاقية والتصوف في الإسلام.

بالإضافة إلى المساقات النظرية، يُطلب من الطلاب إعداد أطروحة تتويجاً لدراستهم، مما يمكنهم من تقديم بحث أكاديمي يسهم في تطوير الفكر الإسلامي